为规范财政农业专项资金管理，增强农业专项资金分配、使用的科学性和公正性，提高资金使用效益。各级财政部门应对拟设立的农业专项资金进行认真的调查研究，对设立专项资金的必要性、政策依据、具体目标、资金用途、支持对象、支持范围、起止时间等进行科学、客观的评估论证。农业专项资金支持的项目以社会效益和生态效益为主。如以经济效益为主、能带动农民增收的项目。财政的农财部门应按规定的预算编制时间，将需设立的补助下级财政农业专项资金报送同级预算编制部门，并报专项资金的项目支出内容。应将重要农业专项资金的用途、补助标准及其他要求以项目指南等形式予以公告。农业专项资金执行到规定的期限应自动停止。到期后如需继续执行，应按照规定的程序重新申报。各级地方财政部门或主管部门应对上报项目的真实性和文件的合规性负责。项目完工后，财政部门或主管部门可组织人员对项目的技术、财务、资产等情况进行验收；或委托注册会计师事务所、工程监理等中介机构进行项目审计或验收。项目审计或验收的依据是经财政部门或主管部门批复的预算等项目文件。

  审计部门要对农业专项资金管理应符合国家有关农业和农村经济发展的方针政策，符合市场经济体制和公共财政原则，符合科学、公正、公开和效率原则，符合资金适当集中使用的原则。为保证项目申报文件的真实、科学和完整，项目申请单位是否符合规定的资格或条件，提交项目可行性研究报告，专家项目评审报告，项目单位应根据财政部门或主管部门批复的项目预算来实施工程。

审计部门要加强农业专项资金的事前、事中、事后全过程进行审计监督。对于在项目可行性研究报告和项目执行中存在严重弄虚作假的项目单位，建议财政部门或主管部门取消该单位今后的申报资格，停拨项目资金或中止项目执行。并可通过媒介对单位及负责人予以曝光。已便更好对专项资金设立、分配、使用，进行监督。